Ese verano el Málaga disputó la Peace Cup 2009, un torneo amistoso internacional, siendo una de las sedes el estadio La Rosaleda. La temporada 2018-19 es la marcada por el club para intentar conseguir el regreso a LaLiga Santander, por lo durante el verano centran sus esfuerzos en retener a futbolistas clave como Roman Zozulia, Tomeu Nadal o Álvaro Arroyo, y sumar jugadores que ayuden a la idea de fútbol combinativo que pretende el nuevo entrenador, Luis Miguel Ramis. El Club Deportivo Málaga dejaba de existir. El Málaga percibió de la UEFA 32 millones de euros tras su exitosa campaña en este torneo europeo. Con este resultado, y a cuatro fechas de terminar el torneo, el Barcelona consiguió su vigésimo quinta Liga. El primer derbi liguero, se disputó en feudo realista un 10 de febrero de 1929, coincidiendo con la primera jornada de la historia de la liga. La temporada 1990/91 en la categoría de plata supuso un intento desesperado por ascender a Primera División manteniendo buena parte de la plantilla que había descendido y asumiendo riesgos más altos para la cada vez más maltrecha economía del club. La temporada fue convulsa, incluyendo destituciones de entrenadores y rebelión de futbolistas contra el club.
Esa temporada el equipo realizaría una excelente campaña, certificando el 13 de mayo de 2012 su clasificación a la fase previa de la Liga de Campeones de la UEFA tras terminar 4° en la Liga 2011/2012; hasta ahora la mejor clasificación del club en Primera. El 18 de septiembre de 2012 el Málaga disputó su primer partido en la Liga de Campeones, venciendo por tres goles a cero al que era en ese momento campeón de la Liga Premier de Rusia, el Zenit de San Petersburgo. La remodelación se inauguró el 14 de septiembre de 2006, con el encuentro Málaga C.F. Debido al interés que había despertado en otros clubes europeos, como el escocés Glasgow Rangers, por su desempeño en el Mundial sub-20 y en el Joan Gamper, el 16 de septiembre el presidente Joan Laporta decidió aumentarle el sueldo y prolongar su contrato hasta 2014, con la misma cláusula de rescisión.
UEFA de clubes era el 43º con 38.814 puntos, siendo el séptimo club español. Gregorio Manzano fue destituido como entrenador en la jornada 18, con el club en puestos de descenso. En la temporada 2008/09, fue elogiado el trabajo y el juego del equipo; siendo un recién ascendido y teniendo uno de los presupuestos económicos más bajos de la Liga, el Málaga CF luchó hasta las últimas jornadas por clasificarse para puestos europeos. Las gradas de tribuna y preferencia quedaron cubiertas, mientras que las gradas de fondo y gol sufrieron mejoras en los accesos y los asientos. Tiene como principal objetivo formar a jóvenes jugadores que serán promocionados al primer equipo. Entre los jugadores nuevos contratados destacaron Eliseu o Salomón Rondón. No fue hasta 1964, cuando el Athletic se vio con la necesidad de crear un equipo filial donde poder foguear a sus jugadores. Aquella noche el Málaga saboreó la clasificación a semifinales desde el minuto veinticuatro de la primera parte hasta el minuto noventa y tres de partido, cuando el árbitro británico escocés Craig Thomson concediese un gol en fuera de juego al equipo germano. En la tanda, tras el fallo de Raúl Procopio por el Cádiz, el Málaga acierta sus cuatro lanzamientos hasta que Antonio Mata erra el definitivo tras parada del exportero malaguista József Szendrei, que en la muerte súbita le detiene otro penalti a Emilio Pérez Rodríguez, privando al club de ascender a Primera División.
El primer jugador carismático del club fue Rafael Moreno Aranzadi; más conocido con el sobrenombre de «Pichichi», fue uno de los primeros goleadores del fútbol español. En una entrevista con el canal argentino TyC Sports en 2019, el jugador eligió ese gol como el más importante de su carrera. Jugador más joven en debutar (competición nacional/internacional): Iker Muniain (debutó el 30 de julio de 2009, a los 16 años, 7 meses y 11 días, camiseta athletic 2023 contra el Young Boys). Diez años después, en la temporada 2009-10, tomó su actual denominación tras integrar a la Copa Intertoto, un torneo estival clasificatorio para esta competición. En diciembre de ese año, el Málaga CF fue sancionado por el Comité de Control Financiero de Clubes, dependiente de la UEFA, con una multa de trescientos mil euros y excluido de la próxima competición continental para la que se clasifique dentro de los siguientes cuatro años. Durante los últimos años de la década de 1920, el Athletic fue reclutando a los mejores talentos del fútbol vizcaíno. El equipo que logró el duodécimo ascenso del Málaga a la máxima categoría contaba con jugadores como el delantero hispano brasileño Catanha, que consiguió el Trofeo Pichichi de Segunda División con veintiséis dianas, o el portugués Edgar, y los centrocampistas De los Santos, Rufete, Agostinho, Movilla o Sandro, junto a jugadores canteranos como Basti o Bravo que habían participado íntegramente en la escalada del Málaga desde Tercera a Primera División.