En la fase de ascenso a la segunda división, y tras ir perdiendo por 3-1 frente a la Cultural Leonesa, el equipo vencerá por 3-5, ante acusaciones de amaño, situación que le impidió luchar por el ascenso y que motivó el cierre de comercios en la ciudad y la salida de cerca de 20 000 vecinos en manifestación contra el Comité de Competición. En la final de la Copa del Rey el 30 de mayo, Messi anotó un doblete en el 3-1 sobre el Athletic de Bilbao. El Eibar acaba la primera vuelta en octava posición, haciendo historia así, como el mejor debutante de Europa en la división más fuerte del país. La temporada 2008/09 puso fin a la Copa de la UEFA bajo esa denominación, ya que a partir de la temporada 2009/10 pasó a llamarse UEFA Europa League. A nivel deportivo, ocupa una posición en la mitad de la tabla en La Liga, casi llegando a clasificar a la Europa League manteniéndose durante casi toda la segunda vuelta entre el séptimo y octavo puesto, mientras que en la Copa del Rey rompe una nueva plusmarca el 12 de enero de 2017 al derrotar en la ida al Osasuna por 0-3 y empatar en la vuelta sin goles, y certificar su paso a cuartos de final por primera vez en su historia.
Antes, los «reds» habían eliminado en semifinales a los vigentes campeones tras un empate global a dos goles merced a la regla del gol visitante. En 1999 logró mantener la categoría al sumar 25 puntos de los últimos 27 en juego, ganando el último partido al CD Toledo por 3-0, con goles de Goyo, Iturrino y Arenaza. El 22 de abril de 2001 el Atlético de Madrid realizó su primera visita oficial a Ipurúa en liga, ese partido culminó con el resultado de 2-1 a favor de los locales con goles de Leniz y Arenaza, lo que acarreo el cese de Marcos Alonso y dejó al equipo madrileño casi sin opciones de ascender. Por ejemplo, el madrileño Manuel Garnica Serrano fue uno de los goleadores en la final de 1911 que ganaría el Athletic Club. Vuelve a la promoción de ascenso y tras cuatro años en Segunda B consigue subir a Segunda División tras derrotar al Alcoyano (quién lo eliminó del ascenso hace dos años) y al Real Oviedo en las dos primeras fase y al Hospitalet en la fase final. En la 2011-12, el equipo queda tercero con 66 puntos y vuelve a la promoción de ascenso, cayendo ante el Lugo en la primera fase de la ruta de los «no campeones».
El 13 de julio el TAD desestima el recurso del Elche CF por lo que ratifica su descenso y que la plaza en Primera División la ocupara la SD Eibar. Quedó en segundo lugar en la votación del Balón de Oro, lo que terminó su ventaja de cuatro años seguidos sobre Cristiano Ronaldo. Será en la temporada 1946-47, y tras una brillante clasificación con una media de cuatro tantos por encuentro, cuando ocurra uno de los hechos más turbios de la historia del equipo. La primera temporada en Segunda División B quedó en sexta posición, y el año siguiente, en la temporada 1987-1988, logró el ascenso a la Segunda División, al quedar primero de su grupo. De esta forma, el Eibar consigue la salvación y puede competir un año más en la Liga BBVA. Posteriormente el nombre cambió al de Sociedad Deportiva Eibar y finalmente al nombre bilingüe castellano-vasco Sociedad Deportiva Eibar – Eibar Kirol Elkartea para en 2015 convertirse en SD Eibar como nombre comercial oficial en castellano, euskera e inglés. El Athletic Club es el equipo que más victorias ha logrado ante F. C. Barcelona y Real Madrid en la historia del fútbol español (78 frente a catalanes y 76 contra madrileños), por delante de equipos como Atlético de Madrid, Valencia, Sevilla, Espanyol o Real Sociedad.
El equipo consiguió mantenerse en Segunda División en la temporada 2007-2008 finalizando en 13.ª posición, destacable el derbi guipuzcoano con la Real Sociedad de Fútbol. Sin embargo cabe decir que el Eibar no es el club que suele tener audiencias televisivas más bajas, ya que durante la temporada 2015-16 tres equipos de Primera tuvieron cuotas de audiencia televisiva más bajas que las de la SD Eibar. Sería su segunda temporada en Primera División. Desde la temporada 1971/72 solo participaron 64 equipos a eliminación directa, antes de proceder con los distintos cambios en la competición. Luego de algunos años en blanco, en la temporada 1994-95 el club leonino volvió a obtener la Copa de Portugal, derrotando 3 a 1 al Marítimo en el duelo decisivo. El exjugador malagueño de origen alicantino llevaba varios años entrenando en el filial y fue continuador de la política pro-cantera ante la precaria situación económica que atravesaba el club, especialmente afectada por la remodelación del Estadio La Rosaleda de cara a la celebración de encuentros oficiales de la Copa Mundial de Fútbol de 1982, cuyo coste fue asumido íntegramente por el club malagueño dada su condición de propietario del recinto.
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