En esa época comenzó a sobresalir una joven promesa de la cantera llamada Julen Guerrero, que se convirtió en un ícono del club y un ídolo para la afición. También cabe destacar a otros jugadores de la época como Ernesto Valverde, Cuco Ziganda, Xabier Eskurza y Aitor Karanka, entre otros. El equipo titular lo conformaban otros jugadores de peso en el equipo como Bittor Alkiza, Aitor Larrazabal, Cuco Ziganda y el propio Julen Guerrero. Para la temporada 1995-96 volvió a fichar a una joven promesa del equipo donostiarra, en este caso, Joseba Etxeberria y puso como entrenador a Dragoslav Stephanovich. Para la temporada 2003-04, Jupp Heynckes abandonaba el banquillo para ser sustituido por Ernesto Valverde, un entrenador de la casa que acababa de subir del filial. Al comienzo de la temporada 2001-02, el Athletic estrenaba nuevo presidente; Javier Uría, y nuevo entrenador; Jupp Heynckes, que realizaba su segundo ciclo en el banquillo rojiblanco. En 1994, José María Arrate sustituyó a Lertxundi como presidente, trayendo consigo a Jon Andoni Goikoetxea del FC Barcelona y a Bittor Alkiza de la Real Sociedad y, como entrenador, a Javier Irureta, en sustitución de Jupp Heynckes, que había decidido antes de las elecciones no continuar en el club.
El presidente Lertxundi decidió dar carpetazo de una vez al ir y venir de entrenadores fichando a un técnico contrastado, de esa forma el alemán Jupp Heynckes se hizo con los mandos del equipo en la temporada 1992-93. Con Heynckes el Athletic dio muestras de mejora y logró un 5.º puesto en la campaña 1993-94, que le daba derecho a jugar la próxima Copa de la UEFA. En los dos años que estuvo Jupp Heynckes, el equipo mejoró considerablemente, ya que estuvo luchando por clasificarse para la Copa de la UEFA hasta el último momento, además de llegar hasta semifinales de la Copa del Rey, tras quince años sin lograrlo, siendo eliminado finalmente por el Real Madrid. », en alusión a la tardanza de estos en devolver los balones al campo con el objetivo de perder tiempo para beneficiar a su equipo, a lo que un directivo del club navarro respondió con sarcasmo «Si quieres, los puedes fichar para el Athletic. En junio de 1998, el club navarro se encontraba en una delicada situación económica, por lo que llegó a un acuerdo con el club rojiblanco que duraría cuatro temporadas.
↑ Javier R. Beltrán (18 de junio de 2003). Mundo Deportivo, ed. ↑ Miguel González, Iker Alava (31 de enero de 2018). «Iñigo Martínez firma con el Athletic hasta 2023 con una cláusula de 80 millones». A partir de la temporada 2009-10 el equipo entró en una etapa de crecimiento, en la cual comenzaron a emerger jóvenes promesas como Iker Muniain, Óscar de Marcos, Mikel San José, Markel Susaeta y Ander Iturraspe, si bien su participación aún era secundaria. En el mercado de invierno Gaizka Toquero se incorporó al equipo proveniente de la S. D. Eibar, de Segunda División, club en el que estuvo cedido desde que el Athletic acometiera su fichaje meses atrás. El Barça hace meses que ha llegado a un acuerdo con él, según parece para las dos o tres próximas temporadas, y el anuncio de su fichaje podría hacerse en breve. Esa temporada el Athletic se proclamó subcampeón de Liga y se clasificó para jugar, por primera vez, en la nueva Liga de Campeones de la UEFA, competición que fue estrenada en la campaña 1992-93 en sustitución de la antigua Copa de Europa (en la que el Athletic ya había participado en tres ocasiones). Con Ernesto Valverde el Athletic se clasificó para la Copa de la UEFA, terminando la temporada en 5.ª posición.
Así, el Athletic dio un gran salto de calidad y logró clasificarse para la Copa de la UEFA, quedando en 6.ª posición. La temporada 1999-2000 supuso el principio del fin para el equipo del centenario, acabando la liga en 11.ª posición. Según los rumores del entorno rojiblanco, se hablaba de problemas en el vestuario; de hecho, a partir de esa temporada, la estrella del equipo, Julen Guerrero, se vio relegado al banquillo para sorpresa de muchos. Esa temporada, el Athletic volvió a disputar una final de la Copa del Rey veinticuatro años después, tras eliminar a cuatro equipos de Primera División; Recreativo de Huelva, C. A. Osasuna, Real Sporting de Gijón y Sevilla F. C. En la final cayó derrotado por 1-4 frente al F. C. Barcelona, que más tarde logró el triplete al ganar la Liga, la Copa y la Liga de Campeones. No obstante, fue cesado a mitad de temporada, ya que el equipo se encontraba en puestos de descenso y no daba señales de mejoría. Arrate cesó a Irureta a mitad de temporada y puso en su lugar a Amorrortu.
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