Para sustituir a Ernesto Valverde en el banquillo, la junta directiva contrató a José Luis Mendilibar, proveniente de la S. D. Eibar de Segunda División, el cual fue cesado debido al nefasto inicio de Liga (el segundo peor de la historia del Athletic). Además, los problemas económicos obligaron al Athletic a desprenderse de dos de sus jugadores más importantes; el portero Andoni Zubizarreta, que recaló en F. C. Barcelona, y el delantero Julio Salinas, que se fue al Atlético de Madrid. En cuanto a la Copa, los de Valverde lograron llegar hasta cuartos de final, donde no fueron capaces de superar a un Atlético de Madrid inconmensurable, que realizó una temporada soberbia, alzándose con el título de Liga. Su puesto en el banquillo lo ocupó Iñaki Sáez hasta final de temporada. Pero no le fueron bien las cosas al Athletic, ya que en competición europea cayó eliminado en los dieciseisavos de final por la Juventus de Turín y, en la liga, se quedó en un intranscendente 7.º puesto. A raíz de la eliminación en la Copa de la UEFA en febrero de 2005, las cosas empezaron a no marchar bien, ni en lo institucional ni en lo deportivo. En la Copa de la UEFA 1997-98 el Athletic había caído en dieciseisavos de final contra el Aston Villa F. C. tras eliminar a la U. C. Sampdoria en la ronda anterior.
Esa temporada el Athletic se proclamó subcampeón de Liga y se clasificó para jugar, por primera vez, en la nueva Liga de Campeones de la UEFA, competición que fue estrenada en la campaña 1992-93 en sustitución de la antigua Copa de Europa (en la que el Athletic ya había participado en tres ocasiones). Así, el Athletic dio un gran salto de calidad y logró clasificarse para la Copa de la UEFA, quedando en 6.ª posición. Al comienzo de la temporada 2001-02, el Athletic estrenaba nuevo presidente; Javier Uría, y nuevo entrenador; Jupp Heynckes, que realizaba su segundo ciclo en el banquillo rojiblanco. Le sustituyó Javier Clemente, camiseta athletic bilbao quien se sentaba por tercera vez en el banquillo rojiblanco. Están en edad cadete», aludiendo a anteriores fichajes del club rojiblanco. Terminados los años noventa, el Athletic entraba en una nueva década que no depararía nada relevante en la historia del club, siendo una etapa con pocos éxitos y en la que se vivieron varios años difíciles, en los que el club estuvo a punto de descender. ¿Por qué comprar una camiseta del Athletic Bilbao? En cuanto a la segunda equipación, tradicionalmente ha constado de una camiseta azul Bilbao, con pantalón y medias del mismo color.
En los primeros años de vida del club, durante la década de 1900, el Athletic estaba formado mayoritariamente por jugadores locales y por los que incorporaba para sus partidos de Copa del Rey desde su sucursal de Madrid, además de jugadores ingleses residentes en Bilbao, del mismo modo que ocurría en la mayoría de los equipos españoles de la época. Además, el doblete de Liga y Copa dio al Athletic de forma automática la Supercopa de España. Tras la desaparición del último equipo campeón, el Athletic se vio inmerso en un periodo de declive que comenzó en la temporada 1986-87, con José Ángel Iribar como técnico. En la siguiente temporada 2004-05, el Athletic fue de más a menos. A partir de 2005, el Athletic entraría en una época de crisis institucional y deportiva, que casi hacen descender al club. También cabe mencionar la aportación de Manu Sarabia, un delantero cuya especialidad era el regate, y que es considerado por muchos aficionados como el jugador más talentoso de la época. También cabe destacar a otros jugadores de la época como Ernesto Valverde, Cuco Ziganda, Xabier Eskurza y Aitor Karanka, entre otros. También se consolidaron otros jugadores provenientes de fuera como Orbaiz, Ezquerro y Tiko.
Tras esto llegaron otros jugadores como Javier Irureta, José Ignacio Churruca y José María Lasa, también guipuzcoanos. En 1994, José María Arrate sustituyó a Lertxundi como presidente, trayendo consigo a Jon Andoni Goikoetxea del FC Barcelona y a Bittor Alkiza de la Real Sociedad y, como entrenador, a Javier Irureta, en sustitución de Jupp Heynckes, que había decidido antes de las elecciones no continuar en el club. Arrate cesó a Irureta a mitad de temporada y puso en su lugar a Amorrortu. Pero el presidente José María Arrate quería mejorar aún más el equipo de cara a la temporada 1997-98, la cual era una temporada especial debido a que el club celebraba su centenario. La temporada 1999-2000 supuso el principio del fin para el equipo del centenario, acabando la liga en 11.ª posición. Otro de los pilares en abandonar el equipo fue el laureado Dani, que ponía fin a su carrera deportiva tras haber disputado 402 partidos con el club y marcado 199 goles, convirtiéndose en el segundo mayor goleador de la historia del club. Poco después, con la llegada de Josu Urrutia a la presidencia en 2011, el Athletic zanjó el debate sobre la filosofía haciéndola pública en la web oficial del club.