Al final logró pasar como primero de grupo y en dieciseisavos se enfrentó al campeón de la liga rusa, el Spartak Moscú, a quien consiguió vencer en el partido de ida por 1-3, mientras que en el partido de vuelta cayó por 1-2 en San Mamés, pero se clasificó para la siguiente ronda por el marcador global de la eliminatoria. El conjunto rojiblanco no mejoró el juego mostrado y volvió a caer derrotado por 1-2. De esta manera el Athletic se despidió de la Europa League con una impresionante pañolada por parte de la afición. De sonido folk, la mayor parte de las canciones estaban grabadas en euskera, el disco se compone de los siguientes temas: Harrobiaz arro, Orroak, Chulos hasta pa’ perder, Mila kilometrotara atzetik, Hegoak eta iparra, Oinak egite, Mundu denak, Estropadak, Blanc zuri branco, Amets zurigarriak, Dzuaru, Herriaren zati, Aurrera aurrera Athletic. Mientras, en la liga, el equipo se pasó toda la temporada en la parte media-baja de la clasificación, incluso en algunas jornadas se metió en puestos de descenso, pero finalmente logró la salvación sin pasar demasiados apuros, quedando en 12.ª posición. La temporada 2017-18 supuso un retroceso para el equipo, pasando de luchar por Europa a la zona baja de la clasificación, que hizo rememorar los tiempos del bienio negro.
La escalada fue constante y a mediados de abril llegó a alcanzar el séptimo puesto de la clasificación, sin embargo, tras un decepcionante partido en la última jornada ante el Sevilla, el equipo cayó al octavo lugar de la clasificación y se quedó fuera de Europa. Esto le sirvió para quedar séptimo con 55 puntos y, gracias a ello, clasificarse para la próxima Liga Europa. El Athletic logró finalmente su objetivo de clasificarse para la Europa League, alcanzando la sexta posición con 58 puntos, los mismos que el Sevilla F. C. (quinto) y el Atlético de Madrid (séptimo). En la recta final de la temporada el equipo tuvo opciones de luchar por un puesto de Europa League, pero los malos resultados en partidos clave echaron por tierra cualquier posibilidad, y finalmente concluyeron la liga en decimoprimera posición con 51 puntos. Por último, en Liga consiguieron la quinta plaza que le daba acceso a la fase de grupos de la Europa League 2016-17. En la última temporada de Valverde, el equipo estuvo titubeante tanto en Liga como en Europa (eliminado por el APOEL), sin embargo, en la Copa del Rey los leones volvieron a caer eliminados, en octavos de final, frente al F. C. Barcelona dando una buena imagen.
Así, el Athletic alcanzó la final de la Copa del Rey y, posteriormente, se clasificó para disputar una final europea tras treinta y cinco años sin hacerlo, eliminando a equipos como el Paris Saint-Germain, Lokomotiv, Manchester United, Schalke 04 y Sporting de Portugal, entre otros. En aquella temporada, los cinco primeros clasificados se mostraron altamente superiores al resto; tan es así, que el Sevilla F. C., quinto clasificado en Liga, logró la extraordinaria cifra de 76 puntos (hasta ese momento, ni el cuarto clasificado de Liga había pasado nunca de los 71 puntos). Aun así, el Athletic logró clasificarse para disputar otro año más la Liga Europa, gracias a haber llegado a la final de Copa. Su mayor logro fue llevar al Athletic a disputar la final de la Copa del Rey en 2009, hecho que cobró gran relevancia, debido a que el club llevaba 24 años sin conseguirlo. La junta puso al frente del banquillo al entrenador del filial, Gaizka Garitano, que debutó con victoria en la vuelta de los dieciseisavos de final de la Copa del Rey contra la S. D. Huesca (0-4). El técnico vizcaíno decidió apostar por un bloque sólido en defensa y colocar en punta de ataque al veloz Iñaki Williams, algo que dio rédito desde el primer momento.
El Athletic fue eliminado muy pronto tanto de la Liga Europa, donde cayó en la fase de grupos, como de la Copa del Rey, donde no logró pasar ni la primera eliminatoria. Porque también como otros clubes míticos, como el Real Madrid y el Barcelona, el Athletic Club es un club único que ha jugado siempre en Primera División. Hay una camada que entra por edad y si les ves a todos cómo gritaban ‘Real, Real’ en el vestuario… De nuevo, tras una segunda vuelta espectacular, con once victorias, finalizaron en séptima posición, lo que les dio acceso a la fase previa de la Liga Europa de la UEFA 2017-18. El 24 de mayo, el Kuko Ziganda se convirtió en nuevo entrenador del conjunto bilbaíno, tras la marcha de Ernesto Valverde al F. C. Barcelona. Posteriormente, la UEFA sancionó al club ruso por los incidentes acontecidos aquel día. ↑ UEFA (ed.). «Participantes Históricos Copa de Europa» (en inglés). ↑ a b c d e f g h i Athletic Club (ed.). Esta temporada supuso la despedida de Andoni Iraola, quien abandonó el club tras 12 temporadas en el primer equipo, con el que disputó 510 partidos oficiales, camiseta athletic bilbao 2024 convirtiéndose en el cuarto jugador que más partidos ha disputado en la historia del Athletic.