Durante la temporada 1985-86 surgió un conflicto en el vestuario del Athletic que tuvo como grandes protagonistas al entrenador Javier Clemente y a la estrella del equipo, Manu Sarabia. Un año más tarde regresaría a tercera, categoría que siete temporadas más tarde se convertiría en la Segunda División B. En esta categoría, el Bilbao Athletic, forma jugadores para su incorporación al primer equipo, pero también se convierte en cantera de entrenadores, como Javier Clemente, Ernesto Valverde y Jose Luis Mendilibar. En la campaña posterior, ya con el entrenador Howard Kendall en el banquillo, el Athletic tiró de cantera para rejuvenecer el equipo subiendo a jugadores como Patxi Ferreira, Andrinua, Alkorta, Ander Garitano o Urrutia, alcanzando con ello la 4.ª posición y, por consiguiente, clasificándose para la Copa de la UEFA. Este equipo pasaría a ser conocido en la historia del Athletic como «el equipo de los once aldeanos», ya que el presidente del club, Enrique Guzmán, durante la celebración del título gritó emocionado: «¡ Pero el presidente José María Arrate quería mejorar aún más el equipo de cara a la temporada 1997-98, la cual era una temporada especial debido a que el club celebraba su centenario. La década de los años ochenta comenzó con la retirada definitiva de la portería de José Ángel Iribar, habiendo jugado 620 partidos con el Athletic y 49 con la selección española.
Tras una década de pocos logros, en la década de 1970, el Athletic volvió a la senda de los éxitos. En aquella final el Athletic alineó al siguiente once: Zubizarreta, Urkiaga, Liceranzu, Goikoetxea, Núñez, Patxi Salinas, De Andrés, Urtubi, Dani, Endika y Argote. Además, los problemas económicos obligaron al Athletic a desprenderse de dos de sus jugadores más importantes; el portero Andoni Zubizarreta, que recaló en F. C. Barcelona, y el delantero Julio Salinas, que se fue al Atlético de Madrid. En el partido de vuelta, el portero Carmelo se lesionó gravemente en la primera mitad, futboloo tras un duro golpe en la rodilla propinado por un rival. ↑ «Athletic – Málaga, Liga BBVA – Primera División en Marca.com». ↑ 20 Minutos, ed. ↑ a b c Alfonso Carlos Saiz Valdivieso, 1998, «cap.11». ↑ Alfonso Carlos Saiz Valdivieso, 1998, «cap.XV, pag.235». ↑ Beltrán, Javier R. (25 de abril de 2023). «El Athletic oficializa su apuesta por Castore». ↑ Sport (18 de mayo de 2012). «Las 23 copas del Rey del Athletic Club».
Por otra parte, en el plano institucional, la entidad recuperaba su denominación original en la asamblea general de socios de julio de 1972 tras la derogación del decreto de 16 de mayo de 1940 que prohibía nombres extranjeros en los equipos profesionales deportivos. Tras quedar subcampeón de Liga en la temporada 1969-70, se alzó con el título de Copa de 1972-73 y, en la temporada 1976-77, logró llegar a la final de la Copa de la UEFA tras eliminar a equipos como el A. C. Milan, el F. C. Barcelona y el Borussia Mönchengladbach. El nuevo equipo estaba formado por jóvenes promesas provenientes del filial y de otros equipos vascos: en la portería Carmelo sucedió al laureado Lezama, el resto del equipo lo conformaban Garay, Orue, Canito, Mauri, Maguregui, Artetxe, Marcaida, Arieta, Uribe y Gaínza, único superviviente de la antigua delantera y capitán del equipo. Ya en 1954, llegó al Athletic procedente del F. C. Barcelona, el entrenador Ferdinand Daučík, quien tenía la misión de renovar el equipo de la ya veterana «segunda delantera histórica», la cual disolvió para dar paso a una nueva generación de jugadores. Además, el doblete de Liga y Copa dio al Athletic de forma automática la Supercopa de España.
Antes de esto, el Athletic se vio obligado a jugar el primer partido de Liga como local en Anoeta, donde derrotó al C. A. Osasuna por 2-0. Desde el principio de la temporada el Athletic comenzó con buen pie, el buen nivel mostrado por el equipo y la regularidad durante todo el campeonato le valieron para terminar en cuarta posición -a falta de dos jornadas- y lograr así la clasificación para el play-off de la Liga de Campeones, torneo que el club bilbaíno no disputaba desde 1998. Además, el Athletic batió su récord de puntos en Liga, al alcanzar la meritoria cifra de 70, quedándose a un punto de igualar la mejor marca histórica de un cuarto clasificado, conseguida en la temporada 2003-04 por el Real Madrid C. F. De esta Liga destaca también la victoria ante el F. C. Barcelona en el nuevo San Mamés (1-0), cosa que no ocurría desde la campaña 2005-06, con Clemente en el banquillo. En liga el equipo pasó sin pena ni gloria y cerró la temporada en décima posición con 46 puntos cosechados. La temporada siguiente también abandonaron el club otros tres jugadores que participaron activamente en las consecuciones de los títulos: Andoni Goikoetxea, Santi Urkiaga y Luis de la Fuente, y les siguieron un año más tarde Íñigo Liceranzu y Miguel De Andrés.