Al año siguiente, un Bilbao Athletic dirigido por José Ángel Iribar, logró la mejor clasificación de su historia, siendo subcampeón de la Segunda División A; de la cual Julio Salinas se proclamó Trofeo Pichichi, habiendo marcado 20 goles. Fue en ese año cuando, según el club, el Athletic comenzó a jugar exclusivamente con jugadores vizcaínos, aunque no se tiene ninguna prueba objetiva de que este hecho fuera premeditado o fruto de la casualidad. En el año 2000, ingresó el primer canterano negro de la historia del club, Blanchard Moussayou Sambou, que, aunque nacido en Angola, residía en Erandio. Por ello, se decidió rescatar el nombre del desaparecido Bilbao Football Club y, de este forma, se utilizó por primera vez el nombre de Bilbao Athletic, aunque eso sí, de forma temporal. El 20 de noviembre de 2011 debutó por primera vez, de forma oficial, el primer jugador negro en la historia del club: Jonás Ramalho. El 9 de marzo de 2008, el Athletic Club acordó por primera vez en su historia guardar un minuto de silencio en memoria de un asesinado por ETA, el exconcejal del PSE-EE Isaías Carrasco, asesinado dos días antes en Mondragón.
El Athletic invierte anualmente una gran suma de dinero (en torno a los 10 millones de euros) en potenciar el trabajo de su cantera, contratando a multitud de técnicos y especialistas en el desarrollo del fútbol base. El nombre de Bilbao Athletic obedece a la voluntad de homenajear a uno de los dos primeros equipos de fútbol con que contó Bilbao en el origen del fútbol en Vizcaya. Los jugadores de la Real Sociedad y del Athletic emitieron un comunicado en el que denunciaban el secuestro como un ataque al Athletic y al entorno deportivo de Vizcaya, acusando a los secuestradores de no tener para vivir más que «la violencia y la extorsión. El campeonato lo ganó la Real Sociedad. En diciembre de 2010, el por entonces presidente del club, Fernando García Macua, aseguró en una entrevista que el jugador francés de la Real Sociedad, Antoine Griezmann, no entraba en la filosofía por no pertenecer a Iparralde, uno de los lugares aceptados por la filosofía. Históricamente, la cantera del Athletic está considerada como una de las más importantes del fútbol español y ha aportado nombres de gran relevancia en la historia de la Primera División española, tales como los técnicos Javier Clemente, Koldo Agirre, Iñaki Sáez y Ernesto Valverde y los futbolistas, José Ramón Alexanko, los hermanos Julio y Patxi Salinas, Rafael Alkorta, Genar Andrinua, Andoni Goikoetxea, Julen Guerrero, Fran Yeste, Aritz Aduriz, Andoni Iraola y el campeón mundialista Fernando Llorente, entre otros.
En 2008, el Athletic Club fue condenado a pagar cinco millones de euros a la Real Sociedad por el fichaje, en 2005, de Iban Zubiaurre. El clásico derbi vasco es el partido disputado entre el Athletic Club y la Real Sociedad. El Athletic cuenta con un equipo de fútbol femenino, que surge de la unión con el Leioa EFT en 2002. Actualmente juega en la Primera División Femenina de España, donde ha ganado cinco ligas, la última en la temporada 2015-16, convirtiéndose en el equipo de la categoría con más galardones. La zona de captación de jóvenes futbolistas se expande por todo el País Vasco, Navarra, y el País Vasco francés, donde cuenta con varias residencias y escuelas de fútbol. Es un club de fútbol de la ciudad de Bilbao, en el País Vasco. Por otro lado, el Basconia se fundó como club independiente en 1913 y, desde 1997, ejerce como el segundo filial del club. En los primeros años de vida del club, durante la década de 1900, el Athletic estaba formado mayoritariamente por jugadores locales y por los que incorporaba para sus partidos de Copa del Rey desde su sucursal de Madrid, además de jugadores ingleses residentes en Bilbao, del mismo modo que ocurría en la mayoría de los equipos españoles de la época.
A principios de 2010, el número de jugadores vizcaínos en el primer equipo decayó considerablemente, tal es así, que el 2 de marzo de 2011 pasó a la historia como el día en que el once inicial del Athletic no presentó ningún vizcaíno en 113 años de historia. En los últimos años varios jugadores de la Real Sociedad firmaron cláusulas de rescisión con un valor más elevado para el Athletic Club. El Bilbao Athletic y el Club Deportivo Basconia son los dos equipos filiales del club, el primero fue fundado en 1964 y juega en la Primera División RFEF. ↑ El nombre del equipo combinado se publicó en diferentes revistas y periódicos con varios nombres: Bizcaya, Bizkaya y Vizcaya, si bien el más común y el que utiliza el Athletic Club en sus publicaciones oficiales es el primero. ↑ Página oficial del Athletic (ed.). ↑ Club, Athletic. «.: Athletic Club – Web Oficial :.». En la temporada 1982-83, el Bilbao Athletic logró el ascenso a Segunda División, con un equipo plagado de jugadores que posteriormente darían el salto al primer equipo, como Julio y Patxi Salinas, Genar Andrinua y Joseba Agirre.
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