Conferencia virtual El barco clásico como obra de arte. Al final logró pasar como primero de grupo y en dieciseisavos se enfrentó al campeón de la liga rusa, el Spartak Moscú, a quien consiguió vencer en el partido de ida por 1-3, mientras que en el partido de vuelta cayó por 1-2 en San Mamés, pero se clasificó para la siguiente ronda por el marcador global de la eliminatoria. Esta situación se invirtió en la vuelta, donde el Athletic consiguió 36 puntos, su mejor marca en una segunda vuelta desde que la Liga tiene 20 equipos. Con esto, sumado a la consolidación de Fernando Llorente, Javi Martínez y Fernando Amorebieta, la situación del equipo mejoró notablemente y se mantuvo durante toda la temporada en la parte media de la clasificación, sin pasar apuros. La siguiente temporada 2008-09 supuso la confirmación de que el equipo se estaba recuperando positivamente, dejando atrás los fantasmas del descenso.
Esta temporada supuso la despedida de Andoni Iraola, quien abandonó el club tras 12 temporadas en el primer equipo, con el que disputó 510 partidos oficiales, convirtiéndose en el cuarto jugador que más partidos ha disputado en la historia del Athletic. La temporada 2017-18 supuso un retroceso para el equipo, pasando de luchar por Europa a la zona baja de la clasificación, que hizo rememorar los tiempos del bienio negro. Mientras, en la liga, el equipo se pasó toda la temporada en la parte media-baja de la clasificación, incluso en algunas jornadas se metió en puestos de descenso, pero finalmente logró la salvación sin pasar demasiados apuros, quedando en 12.ª posición. Su última etapa tuvo lugar en la campaña 2005-06, en aquella ocasión el equipo estaba inmerso en la lucha por la permanencia, la cual logró en la penúltima jornada y dejó al equipo en 12.ª posición. Tras el partido se realizó un sencillo acto de homenaje al estadio, que aún fue testigo de otros dos encuentros más antes de su cierre y posterior demolición; el domingo 2 de junio el Bilbao Athletic disputó el play-off de ascenso a Segunda División, mientras que el día 5 del mismo mes tuvo lugar el partido de homenaje a San Mamés, que enfrentó al Athletic contra la selección de Vizcaya.
El 16 de septiembre de 2013 se jugó el primer partido en el estadio de San Mamés, un partido de Liga contra el R. C. Celta de Vigo que terminó con el resultado de 3-2 a favor de los locales. Durante los primeros meses, el equipo no terminaba de adaptarse al nuevo estilo y los resultados en liga no eran positivos, aunque en la Liga Europa se habían solventado con éxito los primeros compromisos. El checoslovaco llegó en la temporada 1954-55 con la misión de rejuvenecer el equipo y modernizar su estilo de juego. En cuanto el equipo comenzó a asimilar el nuevo estilo de juego, los resultados mejoraron notablemente. En liga la trayectoria fue descendente, los malos resultados provocaron el hundimiento del equipo que acabó en decimosexta posición con 43 puntos, lo que supuso la peor clasificación desde el bienio nergo. Sin embargo, debido a la gran cantidad de partidos y a las pocas rotaciones realizadas por Bielsa, el equipo llegó al final de temporada con un gran desgaste físico, lo cual perjudicó al equipo en la recta final de la temporada, que perdió las dos finales por sendas goleadas (3-0 contra el Atlético de Madrid en la Liga Europa, y el mismo desenlace en la final de Copa ante el F. C. Barcelona).
En la temporada 2010-11 el equipo continuó su progresión de forma ascendente, y las jóvenes promesas ya comenzaron a hacerse un hueco dentro del equipo titular, compitiendo con las recién emergidas esa temporada; Borja Ekiza, Jon Aurtenetxe, Ibai Gómez e Igor Martínez, unas con más éxito que otras. De cierta forma, el éxito reciente del Athletic es lo que puso al club en apuros. En el mercado de invierno Gaizka Toquero se incorporó al equipo proveniente de la S. D. Eibar, de Segunda División, club en el que estuvo cedido desde que el Athletic acometiera su fichaje meses atrás. La afición de Osasuna ha proferido cánticos contra el Athletic durante los partidos, al grito de «¡ Momentos antes de iniciarse el encuentro, hubo disturbios entre la afición local y la del Spartak que se saldaron con la muerte de un ertzaina (policía autonómica), quien sufrió un infarto mientras participaba en el operativo de seguridad desplegado en los alrededores de San Mamés. Por último, en Liga consiguieron la quinta plaza que le daba acceso a la fase de grupos de la Europa League 2016-17. En la última temporada de Valverde, el equipo estuvo titubeante tanto en Liga como en Europa (eliminado por el APOEL), sin embargo, en la Copa del Rey los leones volvieron a caer eliminados, en octavos de final, frente al F. C. Barcelona dando una buena imagen.
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