Gracias a esa final, el Athletic se clasificó para disputar la nueva Europa League (versión renovada de la Copa de la UEFA) y para jugar la Supercopa de España contra el propio F. C. Barcelona, que de nuevo resultó vencedor. En agosto de 2015 se enfrentó al F. C. Barcelona por el título de la Supercopa de España gracias a su subcampeonato de Copa y a que el Barcelona fue campeón tanto de Liga como de Copa. En 2013, la audiencia quiso reconocer a los Txikiteros de Bilbao; en 2014 el premio recayó en la Asociación de trabajo Social Bakuva y en 2015 en las personas usuarias de la Asociación Gorabide. Tiene cuatros discos: debutó en un multinacional con su disco ‘El beso’ (Warner, 2010), autoeditó su reválida, ‘Jijí jajá & trilirí tralará’ (2013), en una independiente importante salió ‘Un rayo me atravesó’ (El Volcán, 2018), y acaba de salir su cuarto trabajo en larga duración, también autoeditado y bautizado ‘Hollywood es sólo una palabra’.
Pero el técnico vasco fue cesado antes de comenzar la nueva pretemporada, debido a una mala relación con el presidente Fernando Lamikiz. Al final de la temporada 2002-03, falleció de cáncer el presidente Javier Uría, por lo que el vicepresidente, Ignacio Ugartetxe, tomó el mando de forma temporal. Al comienzo de la temporada 2001-02, el Athletic estrenaba nuevo presidente; Javier Uría, y nuevo entrenador; Jupp Heynckes, que realizaba su segundo ciclo en el banquillo rojiblanco. Le sustituyó Javier Clemente, quien se sentaba por tercera vez en el banquillo rojiblanco. Con un equipo hecho, pero a la vez sin florecer, el Athletic llegó hasta dieciseisavos de final de la Europa League, mientras que en Liga concluyó en octava posición. Con Ernesto Valverde el Athletic se clasificó para la Copa de la UEFA, terminando la temporada en 5.ª posición. Para sustituir a Ernesto Valverde en el banquillo, la junta directiva contrató a José Luis Mendilibar, proveniente de la S. D. Eibar de Segunda División, el cual fue cesado debido al nefasto inicio de Liga (el segundo peor de la historia del Athletic). Terminados los años noventa, el Athletic entraba en una nueva década que no depararía nada relevante en la historia del club, siendo una etapa con pocos éxitos y en la que se vivieron varios años difíciles, en los que el club estuvo a punto de descender.
2008, la refinería vizcaína Petronor, primera publicidad comercial en 110 años de historia en la camiseta rojiblanca. Esa temporada, el Athletic volvió a disputar una final de la Copa del Rey veinticuatro años después, tras eliminar a cuatro equipos de Primera División; Recreativo de Huelva, C. A. Osasuna, Real Sporting de Gijón y Sevilla F. C. En la final cayó derrotado por 1-4 frente al F. C. Barcelona, que más tarde logró el triplete al ganar la Liga, la Copa y la Liga de Campeones. Además es un club con identidad, con personalidad, ya que sus jugadores provienen de una cantera de jóvenes talentos que forman profesionales que triunfan con el primer equipo y con equipos de primera e internacionales. A partir de la temporada 2009-10 el equipo entró en una etapa de crecimiento, en la cual comenzaron a emerger jóvenes promesas como Iker Muniain, Óscar de Marcos, Mikel San José, Markel Susaeta y Ander Iturraspe, si bien su participación aún era secundaria. Para esa final, Bielsa alineó al equipo de gala; Iraizoz, Iraola, Javi Martínez, Amorebieta, Aurtenetxe, Iturraspe, Herrera, De Marcos, Susaeta, Llorente y Muniain. En los dos años que estuvo Jupp Heynckes, el equipo mejoró considerablemente, ya que estuvo luchando por clasificarse para la Copa de la UEFA hasta el último momento, además de llegar hasta semifinales de la Copa del Rey, tras quince años sin lograrlo, siendo eliminado finalmente por el Real Madrid.
Sólo Peral y Saro quedaron en esos años como exponentes de quienes quince meses antes habían levantado la copa del campeonato liguero. Y entre las entradas que había y las que han liberado los abonados no inscritos quedaba un escaso margen que, a horas del encuentro, camiseta del athletic bilbao hacen prever que se acabará el papel. En el mercado de invierno Gaizka Toquero se incorporó al equipo proveniente de la S. D. Eibar, de Segunda División, club en el que estuvo cedido desde que el Athletic acometiera su fichaje meses atrás. En cuanto el equipo comenzó a asimilar el nuevo estilo de juego, los resultados mejoraron notablemente. Tiene mucho de alegre paseo esta salida al monte que en algunas ediciones ha alcanzado las 7.000 personas, y que se hace tanto más llevadera en cuanto que los más “montañeros” llevan casi en volandas al resto de la expedición. A partir de 2005, el Athletic entraría en una época de crisis institucional y deportiva, que casi hacen descender al club. Esos años destacaron jugadores como Alfonso, Finidi George, Cuéllar o Roberto Ríos, que en 1997 fue traspasado al Athletic Club por 2000 millones de pesetas (12 millones de €), una cifra récord para la época.